第九季紧接第八季结局，博士与克拉拉继续在时间与空间中冒险。他们前往维京时代对抗机器恶魔，潜入戴立克的孵化星球营救少年法师，并在一个完全由水构成的星球上遭遇了古老的生物“洪水”。然而整季的核心是一条无法打破的死亡预言——克拉拉将在名为“天堂之死”的时间节点上被量子渡鸦刺穿。博士尝试了所有方法：篡改时间线、制造机器人替身、甚至与时间领主议会正面冲突。最终克拉拉的确死在了他的怀里，而博士也因此被判处数十亿年的忏悔循环——在同一个堡垒里反复砸穿一面由金刚石构成的墙壁，直到学会“履行职责而不求回报”。
魔法特时代最悲壮也最浪漫的一季。皮卡叔用疲惫而温柔的眼神演出了博士的无力感。天堂岛两集是整部《神秘博士》史上最具哲学深度的剧本之一。忏悔罗盘的设定让人头皮发麻。
穆斯林女孩萨娜在毕业季面临信仰与友情的终极考验，同时还要隐藏自己对校园男神的爱意。
在可以删除痛苦记忆的未来，一对恋人反复相爱又反复忘记对方。
在脑机接口时代，车手们不用手操控，而是用愤怒值驾驶赛车。
美术馆里一座普通的“坐着的女人”雕塑前，每天都有一个女人来静坐，风雨无阻，长达十年。
美军首位女武装直升机飞行员被击落敌后，她要在72小时内穿越战区，带出被俘的队友。
一对年轻时睡过的异性好友，人到中年决定重新做回纯朋友，却发现比谈恋爱还难。
冷冻复活技术成功，但每个醒来的人都失去了“愧疚感”，变成反社会人格。
在新德州沦为赛博贫民窟的40年后，年老力衰的布雷斯塔警长必须找回他的“熊的力量”和“狼的耳朵”。